清华海峡研究院（简称“海峡院”）于2015年由厦门市人民政府与两岸清华共同成立，秉承“桥梁、摇篮、生态”的建院使命，以打造“创新创业沃土、两岸精英乐园”为愿景，明确围绕清华大学技术转移转化服务平台的战略定位，扎实推进建设以两岸清华为特色、集“政产学研金”等多要素融合统一的科技创新生态，在厦打造技术高地、人才高地、创新经济示范高地与两岸交流融合平台，促进地方及区域经济高质量发展。
综合办公室是清华海峡研究院的综合协调管理部门。主要职责是贯彻执行院领导的方针政策，协助院领导安排好各项工作 做院领导的得力助手。 对外广泛联系政府各级行政主管部门 对内联系研究院系统各个职能部门、 中心、 下属和合作企业， 规划、 协调及管理院里的重大活动、 文秘宣传、 行政事务、 外联接待、 后勤事务等。
联系邮箱：admins@ctri.org.cn
投资管理部为清华海峡研究院进行项目孵化、产业投资和产业合作的重要职能部门，由海峡院唯一控股基金公司厦门清大海峡股权投资管理有限公司（机构登记编码：P1071709）全权负责海峡院与投资相关的事务，筹备并管理海峡院的各类基金。
部门职能包括基金合作与管理、创业项目孵化、股权投资、投融资顾问、企业产业化合作、投后服务等。投资领域主要面向大数据/人工智能、大健康、半导体、新能源和大文化等产业。
投资管理部致力于依托两岸清华大学的科技、人才和资源优势，为被投企业和合作企业提供系统而高效的服务，通过人才培养招募、技术指导、市场拓展、资本运作等方式为企业助力，整合各方资源，推动科技产业化发展，并努力创造良好的投资回报。
联系邮箱：fenfen.zhao@ctri.org.cn
创新人才部是服务于研究院创新人才战略的职能部门。目前的具体工作方向包括：
1）通过落实“清华大学博士后海峡基金”奖励政策，激励更多的具有优异创新潜质的清华大学博士后开展高水平的科学研究活动，以培养创新型科研人才，孵化创新型科研成果，为科研成果的实用化、产业化打下基础，为经济发展提供人才和技术储备。
2）通过实施“青年CTO计划”，广泛联络一批已经有所成就的高精尖科技企业中的年轻清华校友技术骨干，充分发挥清华校友企业的技术优势，促成与研究院的全面合作，为厦门地区的创新发展做出实质性贡献。
3）针对研究院及地方的实际需求，依靠清华大学等科研实力雄厚的单位，对接高端科研人才，解决有难度的技术问题，扩大研究院的高端科研资源。
4）支持海峡两岸的青年“双创”活动，促进海峡两岸的交流融合。
5）助力引进创新型人才加盟研究院，壮大研究院优秀创新人才队伍。
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科技创新部为清华海峡研究院进行科研孵化的重要部门，全面负责海峡院与科研相关的事务，具有科研项目管理、技术服务协议和合同管理、科技成果推广、研究中心设立评估、知识产权管理、产业协会对接等职能。科技创新部旨在基于研究院的发展战略，积极为孵化项目对接科研资源，为研究中心提供全链条科研服务，从而促进科技成果转化和研究院科研孵化创新体系建设。
联系邮箱：sti@ctri.org.cn